SEOをする上で役立つツールは沢山提供されています。

その多くは無料で公開されているので利用しない手はないでしょう。

FC2ではSEO対策に役立つツールとしてSEOリンク、検索エンジンランキングチェッカー、キーワード出現率チェッカーなどが設置されています。

キーワード出現率チェッカーでは検索エンジンが認識している単語単位でそのページに何パーセント出現しているかを確認することができます。

もしペナルティを受けている場合にはこれを利用しチェックすると、キーワードの頻度が原因かどうか判断できると思います。

また検索エンジンランキングチェッカーでは特定のキーワードでURLがGoogle・Yahoo!・Bingで何位なのか知ることができます。が、最近は不具合が多いようです。

そこでこれと同様の機能を持つアプリケーションにGRCというソフトがあります。

SEOツールラボが提供しており、フリーウェアですが項目数に制限が設けられています。

パーソナルライセンス（買取4,800円）を購入するとURL数が3個までなど一部制限が解除され、ビジネスライセンス（年額9,600円）だと無制限で利用可能になります。

同じく順位チェックをするソフトウェアに「IKKO」というものがありますが、こちらはサイト登録は100件、キーワードは500件まで可能で10000日分の検索順位履歴を保持できます。

完全無料ながらGRC並みの機能を備えているのでオススメです。
ただしグラフ化機能やページランクのチェックなどはアフィリエイトリンクを毎回クリックする必要があります。